Комплекс Ходжа Зайнуддина находится в жилом квартале Бухары, и поэтому он скрыт от основного потока туристов и только знающие ценители посещают его. Комплекс был возведен в XVI веке, местными зодчими при использовании самых доступных, но эффективных методов декора, свойственных тому времени. Например, ганчевый декор и рисунки с изображением птиц и животных при использовании майолики. Отличительной чертой таких сооружений, было наличие центрального зала, переходящего в купол. Такие сооружения часто использовались поклонниками суфизма для проведения религиозных ритуалов, о чем свидетельствуют смешение мечети и ханаки, тем самым подтверждающее объединение ислама и суфизма, популярное в средневековье.
Как и любой другой древний памятник, комплекс Ходжа Зайнуддина покрыт тайной завесы по поводу возведения. Одна из версий гласит, что ханака была построена по приказу местного царя. Другая версия повествует о том, что комплекс был построен по приказу полководца Абдулла – хана. И наконец, последняя версия, что комплекс был построен местным богачом Дустбаем, по приказу которого было построено несколько мечетей в этой местности.
Самой почитаемой частью комплекса считается мазар Ходжа Тюрк, располагающийся в одной из ниш мечети. Скромное убранство с простой кирпичной кладкой самого захоронения свидетельствует о том, что в те времена не было принято воздвигать роскошные надгробия, что было свойственно канонам Корана. Но наиболее интересным объектом комплекса считается хауз – водоем, облицованный тесаным камнем. Особенно поражает, что до наших дней сохранились остатки следов росписи в смешении со сложной лепкой сталактитов, создававшие довольно оригинальный и сложный рисунок всего водоема.
Комплекс Ходжи Зайнуддина был полностью реконструирован в 2009 году, благодаря государственной программе по восстановлению и реставрации памятников культуры Бухарского региона.