Мечеть Магоки Аттори дословно означает «мечеть в яме» в переводе с фарси. Пожалуй, самой таинственной мечетью в Бухаре можно назвать мечеть Магоки Аттори, потому что археологи и ученые не могут прийти к единому мнению по поводу возникновения мечети. Еще до арабского завоевания, на месте мечети был базар, где можно было купить идолы и лекарственные травы, а рядом с базаром находился храм луны Сину, воздвигнутый в честь бога луны, т.к. местные жители того времени были идолопоклонниками, находясь под влиянием Ассирии и Вавилона.
Позже на этом месте и была возведена мечеть Магоки Аттори. Во время раскопок, было обнаружено, что первая мечеть была воздвигнута в IX веке, но впоследствии она сгорела. Только в XII возвели новую мечеть, от которой сохранился один портал. Мечеть полностью отреставрировали в XVII веке при правлении Аблулазиз-хана.
Примечателен тот факт, что до того, как в Бухаре возвели первую синагогу, евреи и мусульмане молились в этой мечети. По одной из версий – евреи молились с мусульманами одновременно, но в разных углах, по другой – евреи приходили молиться, когда там не было мусульман.
На сегодняшний день, в здании мечети располагается музей ковров, где представлены лучшие экземпляры работы искусных мастеров ковроткачества стран Центральной Азии и Кавказа. До сих пор мечеть Магоки Аттори до конца не изучена архитекторами и учеными , а находки, обнаруженные при раскопках, хранятся в музее Эрмитаж.